#!/bin/bash

# autodocks对接步骤
# 依赖：
#      1、AutoDock 4.2.6
#      2、MGTools 1.5.6
    
# 1、准备配体
    pythonsh tools/prepare_ligand4.py -l 6.mol2
    # 生成：6.pdbqt
    
    
# 2、准备受体
    pythonsh tools/prepare_receptor4.py -r 1u3d.pdb -A checkhydrogens
    # 这一步完成*加氢、加电*
    # 生成：1u3d.pdbqt
    

# 3、准备autogrid3参数文件
    pythonsh tools/prepare_gpf4.py -l 6.pdbqt -r 1u3d.pdbqt
    # 生成1u3d.gpf
    
    
# 4、准备autodock4参数文件
    pythonsh tools/prepare_dpf4.py -l 6.pdbqt -r 1u3d.pdbqt
    # 生成：6_1u3d.dpf
    
    
# 5、计算grid(box)
    autogrid4 -p 1u3d.gpf
    # 生成：1u3d.A.map、1u3d.d.map、1u3d.C.map、1u3d.e.map、
    #      1u3d.HD.map、1u3d.maps.fld、1u3d.N.map、1u3d.maps.xyz、
    #      1u3d.OA.map、1u3d.S.map

# 6、docking
    autodock4 -p 6_1u3d.dpf
    # 生成：6_1u3d.dlg